Foi criado em 1983 com o principal propósito de promover o desenvolvimento das ciências matemáticas. Assim como o centro de Matemática da Universidade de Coimbra é também financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia, desde 1994, data em que também funciona como uma unidade integrada no programa plurianual das Unidades de Investigação. Em 2002 recebeu uma classificação de “Muito bom”, quando avaliada pela unidade de investigação. Tem sido acompanhada por uma Comissão de aconselhamento. Esta comissão é constituída por matemáticos de diversos países.