O Centro de investigação no Departamento de Química da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto tem a sua origem em 1964 quando o Instituto de Alta Cultura financiou o chamado "Núcleo de Investigação em Química Orgânica". A unidade de pesquisa denominada Centro de Investigação em Química - CIQ (UP) foi formalmente criada apenas depois de uma nova agência governamental de Pesquisa ser estabelecida - INIC.

A grande mudança na política governamental de financiamento da investigação foi introduzida em 1994, juntamente com um crescimento significativo do Departamento de Química e da ampliação dos interesses da investigação. O que levou à reorganização da unidade de investigação que foi dividida em três unidades uma das quais manteve a original denominação de CIQ (UP).