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O IMAR-CMA visa o desenvolvimento de investigação fundamental e aplicada, tendo como alvo principal os sistemas costeiros e sua continuidade nas bacias hidrográficas.
A pesquisa vai, ao mesmo tempo, respeitar os critérios de excelência e fornecer respostas científicas e técnicas de solicitações de entidades públicas e privadas a respeito:
Os resultados irão contribuir para uma mais eficiente resposta de Portugal nestas áreas. Os principais objectivos são compreender os processos por de trás das características dos sistemas costeiros e bacias hidrográficas contíguas, identificando as pressões e impactos, criando assim as competências necessárias para acompanhar e prever a sua evolução Estas são as condições necessárias para uma optimização da gestão sustentável.
Riscos relacionados com a erosão costeira também serão abordados por meio da quantificação dos orçamentos de sedimentos.
Finalmente, a dinâmica costeira relacionada com o clima forçando mecanismos serão estudados, associando observações a longo prazo com modelagem para proporcionar o desenvolvimento de cenários.