O IBMC foi concebido como uma instituição de pesquisa multidisciplinar em cinco grandes domínios. Estas incluem doenças genéticas, doenças infecciosas e imunologia, a neurociência, stress e biologia estrutural. Com mais de vinte e cinco grupos de pesquisa e mais de 200 estudantes de pós-graduação, promove o tipo de pesquisa básica, que muitas vezes encontra aplicações em biomédica e biotecnologia.

A maioria dos investigadores está associados a uma de cinco diferentes escolas da Universidade do Porto e os seus dois hospitais de ensino, bem como de outras instituições nacionais de pesquisa biomédica e ambiental. Foram desenvolvidas ligações com outras universidades públicas e privadas, e algumas empresas de pequeno e médio porte. A mais importante é com Bial, uma empresa farmacêutica com sede no Porto. Também foram lançadas várias iniciativas conjuntas em parceria com a Fundação Calouste Gulbenkian e Fundação Luso-Americana (FLAD) da Fundação, que incluem um Doutoramento.

Efectiva interacção entre as ciências da vida e bio-engenharia foi facilitada pelo IBMC e INEB esforço conjunto para criar um Laboratório Associado, um novo tipo de organização de investigação destinada a reforçar as competências existentes nos domínios da engenharia biomédica e de biologia molecular e celular.

Esta IBMC-INEB Laboratório Associado foi um dos primeiros a ser reconhecido pelo Ministério Português da Ciência e Tecnologia. Ele tem um contrato de dez anos com um mandato para realizar actividades de investigação e desenvolvimento tecnológico, colaborar com o governo na definição das políticas científicas e tecnológicas e prestar serviços à comunidade. As actividades do laboratório devem ter um impacto social evidente.

Dadas as implicações sociais e de interesse público de muitos dos tópicos de pesquisa, estudantes e investigadores têm se envolvido em actividades comunitárias que incluem programas de televisão e rádio públicas, palestras, visitas a escolas, Open Days, e ao acolhimento das crianças da escola, em laboratórios da Instituto durante suas férias. Um boletim cobre as actividades mensais, e destaca os resultados da investigação.
Dentro da Comunidade Europeia, os investigadores participaram nas redes, e deram conselhos e liderança na concepção de novos programas e políticas. A nível internacional, nossos investigadores têm garantido os fundos de investigação em domínios altamente competitivos, e tem desenvolvido um número crescente de colaborações de sucesso. O instituto em si é um membro da UNESCO e Biologia Molecular Cell Network.

Iniciaram um processo que visa desenvolver os interesses multidisciplinares, atraindo cuidadosamente seleccionados estudantes e investigadores de pós-doutorados juniores. Eles serão usados para reforçar ou áreas já existentes ou para desenvolver novos projectos de investigação, e muitas vezes arriscadas, que o instituto considera importantes. Políticas de investigação e prioridades futuras continuarão a ser determinada tanto pelo interesse dos investigadores, como pelas preocupações nacionais.