Os Fenómenos de Transporte representam uma área científica horizontal com importantes aplicações em Engenharia Civil, Química e Mecânica. Esta é uma Unidade de Pesquisa inter-departamental que envolve o pessoal dos departamentos de engenharia química e mecânica, pretendendo lançar as bases para um grupo de pesquisa maior na Universidade. Em 1998 foi dado um passo importante nesta direcção através da criação de um Curso de Mestrado num dos pilares da actividade intitulada "Fundamentos e Aplicações da Mecânica dos Fluidos". Como o assunto é de interesse para outros grupos da Faculdade de Engenharia, o curso de dois anos foi criado em colaboração com a secção de Hidráulica do Departamento de Engenharia Civil. A parte académica da primeira edição deste Curso de Mestrado teve lugar em 1999/2000.